Ejby var oprindelig en landsby med middelalderkirke. I 1865 blev jernbanen Nyborg-Middelfart anlagt 1 km sydvest for kirken, og Ejby stationsby voksede nu frem med gæstgivergård (1865). Byen udviklede sig dog først fra 1890’erne med bl.a. forsamlingshus (1894), bibliotek (1899), centralskole (1911) og mindre industrivirksomheder.
I 1921 var der 1.029 indbyggere i Ejby. Stationsbyen voksede sammen med landsbyen, og byens handlende etablerede sig langs hovedgaden. Byen havde mange mindre industrivirksomheder, bl.a. savværk, teglværk, konfektionsfabrik, skotøjsfabrik, lædervarefabrik og børstefabrik. I 1950’erne opførtes bl.a. rådhus i modernistisk stil.
Ved Kommunalreformen i 1970 blev Ejby administrativt center i Ejby Kommune. I 1970 var der 1.372 indbyggere i byen, der udviklede sig med bl.a. omkring 200 nye lejeboliger i årene 1970‑90, idrætsfaciliteter i Ejby Hallen (1976) og nyt bibliotek (1987). I industriområdet ved Fynske Motorvej etableredes bl.a. en afdeling af Dansk Kraftemballage (1979) og Albero Møbelfabrik A/S i 1990’erne. I 2006 var der 1.962 indbyggere i Ejby.
