Der er gode muligheder for et aktivt friluftsliv på Samsø. I de fleste naturområder er der således afmærkede vandrestier og cykelruter, om end man som oftest er begrænset til at færdes på stier og markveje, da de fleste matrikler på Samsø er privatejede. På Naturstyrelsens arealer i Nordby Bakker er det dog tilladt at bevæge sig rundt i hele området. Ønsker man at overnatte i naturen, kan man gratis benytte de sheltere, som ligger hist og her på øen.
For fugleinteresserede er især Stavns Fjord populær, da man året rundt kan se en lang række rastende og ynglende fuglearter, mens Issehoved om foråret byder på gode muligheder for at se de mange trækfugle, som passerer pynten på deres vej mod nord. Flere steder kantes Samsø af sandstrande, som især er populære som badestrande i sommermånederne. Ellers udnyttes kysterne især til havkajak og surfing, mens lystfiskere kan prøve kræfter med kystfisk som havørred og hornfisk.
Naturformidlingen foregår hovedsagelig fra Samsø Naturskole ved Langør på nordsiden af Stavns Fjord. Naturskolen kan bookes til forskellige aktiviteter og ture, men står også selv for forskellige offentlige arrangementer.
