Samsø Kommune har en mangfoldig natur, som især knytter sig til kysterne og øens åbne land. Naturen på øen spiller bl.a. en vigtig rolle for turismeerhvervet og bosætningen, og i forvaltningen lægges der derfor også stor vægt på at sikre offentligheden gode muligheder for friluftsliv og naturoplevelser.
I det åbne land må naturen dele pladsen med landbruget, og for at sikre et fornuftigt samspil mellem de to søger man bl.a. at bevare og øge antallet af levende hegn og andre småbiotoper på landbrugsarealerne. En anden trussel mod naturen i det åbne land er tilgroning, hvilket hovedsagelig bekæmpes ved græsning. Ud over kvæg varetages græsningen især af gutefår. Den hårdføre fårerace, som oprindelig stammer fra Gotland, er bl.a. indsat for at holde træopvækst nede på overdrevene og bekæmpe invasive eller besværlige planter som rynket rose, brombær og gyvel.
Trods det store fokus på det åbne land er der også et ønske om at øge skovarealet. I Kommuneplan 2017 er der derfor udlagt et samlet areal på ca. 1.600 ha til mulig ny skovrejsning. Arealerne er især udpeget for at beskytte drikkevandet og ligger udelukkende på den sydvestlige del af Samsø.
