Samsø har et samlet skovareal på 1.076 ha, hvilket svarer til knap 10 % af kommunens areal. Skovene er privatejede, og selv om øen rummer en del gammel løvskov, udgør nåleskov mere end halvdelen af skovarealet. Langt den største lodsejer er Brattingsborg Gods, hvis skovejendom udgør ca. 875 ha og bl.a. omfatter øens tre største skovområder: Mårup Skov, Nordby Hede og Brattingsborg Skov.
Mårup Skov og plantagerne på Nordby Hede blev anlagt af godsinspektør H.W. August Kruse, der stod for tilplantningen af det store hedeareal, som grevskabet Samsøe tilkøbte i 1866. I dag er mere end halvdelen af den 634 ha store Nordby Hede dækket af birke- og nåleskov, mens resten er bevaret som lysåben klithede (Østerhede).
