Den bugtede kyst og de mange småøer i Stavns Fjord og på Samsø Østerflak giver Samsø Kommune en kystlinje på hele 128 km. Med undtagelse af den beskyttede Stavns Fjord har bølgernes og strømmenes erosion skabt de udlignede kyster, som præger Samsø i dag.
Langs Nordsamsøs vestkyst ligger et højt bakkeland med en veludviklet kystklint. Klinten er erosiv på lange strækninger og har her en smal, foranliggende stenet strand. Ved både Balleskår og Møgelskår har strandene udviklet sig til egentlige stenstrande. På hele nordvestkysten er strandplanet smalt og stejlt og har som regel kun en enkelt revle.
Østkystens strandplan er bredere end vestkystens og består hovedsagelig af sandstrande. Også oppe ved odden Issehoved findes en bred sandstrand. På det marine forland syd for Issehoved har strandvolde afsnøret en strandsø fra havet. Med tiden er søen groet mere eller mindre til og fremstår i dag som moseområdet Kragemose. En tilsvarende kystudvikling ses langs kysten øst for Nordby, om end de to kystområder er adskilt fra hinanden af kystklinten Byløkke Skår.
Nordøens bakkeland forbindes med Stavns Fjord og sydøen af en lang, bred strandvoldsslette, som strækker sig ind mellem Vester og Øster Hedekrog. Strandvoldssletten dækkes af Nordby Hedes plantager og klithede og kantes af nogle af nordøens bedste badestrande.
På Sydsamsø veksler kysterne mellem klintkyster og fladkyster. Som på nordøen er strandplanet overvejende smallere og stejlere i vest end i øst. Kystklinterne findes derfor hovedsagelig i vest som syd for Sælvig Havn, ved Ringebjerg, mellem Fogedmark og Kolby Kås, ved Grydenæs Odde og Vesborg Fyr. Man kan dog også støde på kystklinter på østkysten som syd for Ballen og ved Udsager Hage. Neden for klinterne er stranden overvejende sandet og gruset, men kan stedvis også være meget stenet.
En undtagelse fra vestkystens smalle strandplan er bugten ved Sælvig, der kantes af en 7 km lang sandstrand med en sandet og fladvandet havbund. Langs syd- og sydøstkysten findes også sandbund, som typisk har 1‑3 revler.
I den sydligste del af bugten Sælvig beskyttes kysten af stenhøfder. Det er også tilfældet ved Ringebjerg og sydøst for Langemark, hvor høfderne suppleres af en kystparallel bølgebryder. Syd for havnene er der en tendens til tilsanding, mens der nord for ofte er underskud af sand. Det viser, at sedimenttransporten langs både vest- og østkysten går mod nord.
