Sønderho Kirke er i modsætning til nabokirken opført på det gamle kirkested. Bygmesteren var Morten Jensen Tarp, der opførte en stor, rektangulær og øst-vest-orienteret murstensbygning med våbenhus i syd og nord. Det søndre våbenhus blev ombygget i 1865, og det nordre blev samme år revet ned. Kirkens blændingsprydede gavle og skifertag er også fra 1865, hvor kirkens oprindelige tag, der bestod af to parallelle og tegltækkede saddeltage, blev udskiftet.
Den ydre opdeling af kirken ses endnu i det indre, hvor rummet ved en stolperække opdeles i to jævnstore afsnit i syd og nord. Alteret er placeret østligst i den søndre halvdel af kirken, mens prædikestolen er opsat ved sydvæggen. En stor del af inventaret stammer fra den ældre kirke, mens en del af stoleværket blev overført fra Ribe Domkirke i 1903. Også i Sønderho Kirke er det maritime islæt tydeligt med landets største samling af kirkeskibe, i alt 15. Kirkens stemningsfulde rum var i perioden ca. 1880‑1935 et yndet motiv i tidens malerkunst. Oftest er fremstillingerne koncentreret omkring sønderhoningernes gudstjenester, hvor særligt gengivelsen af kvinderne i de markante Fanødragter og særegne hovedbeklædninger falder i øjnene.
