Benediktinerklosteret ved Alling Sø omtales første gang i 1268, og formentlig er munkene kort tid forinden flyttet til stedet fra det nærliggende Vejerslev Kloster. Årsagen til klosterflytningen kendes ikke, men én fordel var nok, at de ved Alling Sø ikke delte kirke med sognets beboere og således kunne opnå den afsondrethed, som benediktinerordenen efterstræbte. Det ser ud til, at munkene overtog kongsgården på stedet, og de var veletablerede på stedet i 1268, hvor klosteret nævnes i et testamente.
Klosteret blev i løbet af middelalderen en velhavende institution, som ud over gods i de omkringliggende landsbyer ejede kirkerne i Grønbæk, Svostrup, Serup og Lemming samt Aidt og Vejerslev. Alling Kloster blev nedlagt ved Reformationen, og den sidste abbed blev sognepræst i Grønbæk og Svostrup.
Klosteret, som antagelig var viet til Sankt Hans, lå smukt øst for Alling Sø og var på landsiden omkranset af skovklædte bakkedrag. I 1894 blev tomten undersøgt af Nationalmuseet. Hele anlægget synes opført af tegl. Kirken udgjorde sydfløjen og var et forholdsvis beskedent langhus, 30 m langt og 10 m bredt, med tresidet afslutning mod øst. Nord herfor lå tre klosterfløje omkring en beskeden klostergård på blot 15 × 15 m. Længere mod nord fandtes en større, fritliggende bygning, hvis funktion er ukendt. Klosteret synes samlet set at have været et forholdsvis beskedent anlæg.
