Grønnegaard Havn, som lå på Christianshavn på strækningen mellem de nuværende Cirkelbroen og Knippelsbro, omtales i midten af 1500-tallet, hvor Christian 3. bestemte, at Grønnegaard Havn skulle bruges som vinterleje for de københavnske borgeres fartøjer. Det er således Københavns ældst kendte havn for den private søfart. Før etableringen af egentlige havnekonstruktioner i første halvdel af 1600-tallet var Grønnegaard Havn en naturhavn. Den blev i de efterfølgende århundreder ombygget flere gange, indtil den blev nedlagt i 1955, hvor havnebassinet blev opfyldt, og området siden bebygget med Burmeister & Wains fabrikshaller.
I årene 1996‑97 foretog Nationalmuseet en udgravning af området, hvor der blev fundet syv skibe og en båd (B&W 1‑8). Seks af skibene er bygget mellem 1584 og 1640 og er derfor en enestående kilde til renæssancens skibsbyggeri og søfart. For nogle af skibenes vedkommende har man kunnet bestemme byggestedet: De fire af skibene, såkaldt kravelbyggede skibe, var sandsynligvis hollandske, mens et klinkbygget fartøj antagelig var bygget i Danmark.
To af skibene var blevet grundsat ca. 1624, hvor havnen fik en bradbænk til kølhaling af skibe samt en skibsbro. Fundamentet til disse konstruktioner blev etableret ved at ophugge og sænke skibene. Fire af de fundne fartøjer, heriblandt et 15 og et 20 m langt skib, menes at være forliste fartøjer efterladt i Grønnegaard Havn.
De arkæologiske undersøgelser af skibene viste desuden, at nogle af dem havde undergået omfattende ombygninger og forstærkninger med bl.a. ege- og fyrretræsplanker forsynet med tusindvis af jernsøm og forhudning af skroget med kobberplader, sandsynligvis for at ruste skibene til længere sørejser. I et af skibene blev der også fundet en halv kokosnøddeskal, der sammen med søm og forhudning indikerer, at skibet har været en såkaldt ostindiefarer. Måske et af de tre skibe Elephanten, David eller København, der foretog den første danske sørejse til Fjernøsten – Ostindien – i årene 1618‑22.
