Gudum betyder »Gudernes hjem« og peger tilbage på en sakral rolle i det førkristne samfund.
Gudum Kloster var i middelalderen et benediktinernonnekloster. Man ved ikke, hvor gammelt det er, men det omtales første gang i 1268. Nonnerne kom primært fra lokale adelsfamilier, hvis sjæle der blev bedt for ved sjælemesser i klosterkirken. Til gengæld fik nonnerne en del jordegods, som de kunne ernære sig ved, især i Gudum Sogn. Det oprindelige Gudum Kloster lå i ådalen syd for den nuværende herregård af samme navn, men i 1484 blev klosteret flyttet op til Gudum Kirke, der herefter også blev klosterkirke.
Et gammelt, ironisk ordsprog hos Peder Syv om at være »så hellig som en Gudummunk« menes at referere til de præster, der gjorde tjeneste på nonneklosteret, men som ifølge folkeviddet nok ikke var så fromme endda; nogle reelle sager herom kendes dog ikke. Tværtimod lod nonnerne i Gudum sig selv reformere efter en strengere observans omkring 1466. Ved Reformationen i 1536 blev klosteret omdannet til et kronlen, senere en privatejet herregård. Nonnerne fik længe lov at blive, de sidste tre omtales i 1573.
I ådalen, hvor klosteret oprindelig menes at have ligget, har geofysiske undersøgelser og mindre udgravninger påvist tomten af et firsidet bygningskompleks på ca. 40 × 60 m.
I forbindelse med at Ribebispen Hartvig Iversen Juel i 1484 gav nonnerne tilladelse til at flytte kloster og avlsgård op til Gudum Kirke, blev der foretaget flere ændringer af kirkebygningen, der i dag vidner om dette. Således ombyggedes kirken til et langhus i tegl udstyret med en række lavtsiddende, spidsbuede vinduer, og der blev indbygget hvælv. En bevaret indskrift fortæller, at arbejdet afsluttedes i 1492. Opdelingen af kirken i en nedre del for sognefolkene og et øvre pulpitur, hvor nonnerne færdedes, kendes fra en række andre nonneklosterkirker med sognefunktioner. De øvrige klosterbygninger formodes at have ligget på nordsiden af kirken.
