Borgen Kokholm lå på det sted, hvor åerne Foldå og Resen Kær Å tidligere løb sammen. I dag er der på stedet græsmark og engareal, men inden de to åers løb blev omlagt og området drænet, var her fugtig mose.
I forbindelse med dræning af området i begyndelsen af 1900-tallet blev borgbanken bortgravet. Umiddelbart før foretog Nationalmuseet en mindre udgravning af voldstedet i 1919. Her konstateredes det, at banken var opbygget af tørv, ler og sand. Topfladen har været ca. 40 × 50 m, og borgbanken har været omgivet af en 5‑8,5 m bred voldgrav. Banken var langs foden forstærket med nedrammede pæle og faskiner. På banken fremkom der under udgravningen fodtømmer til to parallelt liggende bygninger, ca. 14,5‑15 m lange og 5‑6 m brede. Bygningstømmeret bar spor efter en ødelæggende brand.
Skriftlige kilder beretter, at Kokholm var i Peder Krabbe-Juels eje i 1420’erne, og at den var i slægten Krabbe-Juels besiddelse indtil midten af 1500-tallet. Det er dog uklart, om det var borgen Kokholm eller hovedgården Kokholm, der lå få hundrede meter fra borgen, der var tale om.
