I 1951 blev Aalborg Lufthavn delt mellem en militær del, den nordlige, og en civil del, den sydlige, med start- og landingsbaner som fælles anlæg. Fra 1952 fungerede Aalborg Lufthavns militære del, betegnet Flyvestation Aalborg, som base for jagerfly. Gennem årene var Flyvestation Aalborg center for Flyvevåbnets transportafdeling og base for Jægerkorpset. I 2006 blev jagerflyene flyttet til Skrydstrup. Frem til 1997 blev Aalborg Lufthavn drevet som statslig lufthavn i samarbejde med de militære myndigheder.
I 1997 overdrog Trafikministeriet den civile del af Aalborg Lufthavn til et fælleskommunalt aktieselskab med 13 nordjyske kommuner. Efter Strukturreformen i 2007 var seks kommuner ejere. Lufthavnen fik ny terminalbygning i 1954 og 1982. Lufthavnens nuværende terminalbygning fra 2001 er tegnet af Schmidt Hammer Lassen Architects K/S. Terminalbygningen har en central fordelingsgang, og dens tag er båret af svungne limtræsspær. Bygningen er blevet udvidet i 2007, 2010 og 2013. I dag er lufthavnen Danmarks tredjestørste lufthavn. Aalborg Lufthavn er et vigtigt omdrejningspunkt i Aalborgs fortsatte vækst. Med ca. 7 km mellem lufthavnsterminalen og Aalborg Centrum er der nem adgang til lufthavnen.
Der er, ud over indenrigsruten til København, også fast rutefart til Amsterdam og flere andre internationale destinationer, ligesom charterfly også afgår fra Aalborg Lufthavn. Indenrigsruten mellem Aalborg og København står for mere end halvdelen af al indenrigstrafik i Danmark.
2019‑20 vil jernbanespor igen blive ført frem til Aalborg Lufthavn, og landsdækkende intercitytog vil have endestation i Københavns Lufthavn. Desuden vil den vedtagne tredje Limfjordsforbindelse give selvstændige afkørsler fra motorvejen direkte til lufthavnen. Udbygningen af Aalborg Lufthavn vil få betydning infrastrukturelt både på landsplan og i regionalt perspektiv.
