Da Aalborg i 1974 blev hjemby for landets femte universitet, var det et afgørende skridt for hele den nordjyske region og regionens omstilling fra industri- til videnssamfund. Forud var gået mange års indsats for at argumentere over for regeringen og Folketinget.
Rektor for Aalborghus Gymnasium C. Willum Hansen var en af de tidligste fortalere for et universitet i Nordjylland. Han beskrev ideen i 1960 i den socialdemokratiske avis Ny Tid under overskriften »Hvor skal studenten anno 1970 studere«. I 1961 gik Aalborg Erhvervsråd ind i sagen og nedsatte Nordjyllandsudvalget for Højere Læreanstalter, der arbejdede målrettet for, at landets tredje universitet skulle ligge i Aalborg.
Udvalget kom i 1965 med en redegørelse, hvori der bl.a. stod: »… at Nordjyllands befolkningsmængde, landsdelens kulturelle og uddannelsesmæssige miljø, Aalborgs størrelse og studenterantallets vækst talte afgørende for placeringen af Danmarks tredje universitet – eller dele heraf – i Aalborg«. Redegørelsen viste også, at man i udvalget var indstillet på et utraditionelt universitet med større tværvidenskabelighed og opbrydning af studiestrukturerne. Således indgik ord som universitetscenter og basisuddannelser allerede på det tidspunkt.
Danmarks tredje universitet endte imidlertid med at blive etableret i Odense i 1966 med den erklærede hensigt at aflaste universiteterne i København og Aarhus. Samme år kom et lovforslag om etablering af centre for højere uddannelser, og i 1969 vedtog Folketinget etableringen af et universitet i Roskilde.
Det førte til mange nordjyske protester, herunder en demonstration foran Christiansborg i december 1969. Samtidig var der bred opbakning fra nordjyske virksomheder, fagforeninger og medier. Protesterne blev hørt. I den endelige lov nr. 263 af 4. juni 1970 om Københavns Universitets placering og universitetscentre lød det i § 2:
»Der oprettes et universitetscenter i Aalborg, som kan påbegynde uddannelserne senest i 1974/75.«
Herefter begyndte forhandlingerne om, hvilke uddannelser uddannelsescenteret skulle indeholde. I første omgang kom Planlægningsgruppen i en rapport fra 1972 med forslag, hvor det bl.a. fremgik, at det grundlæggende mål med opbygningen af Aalborg Universitetscenter var en »… fjernelse af sociale og geografiske skel i rekrutteringen til uddannelserne (…) Midlet hertil er et uddannelsessystem, som rummer en så bred vifte af uddannelsestilbud, at det kan tilfredsstille alle behov.«. Desuden foreslog man, at et totalt studieforløb skulle bestå af en fællesuddannelse/basisuddannelse efterfulgt af udvalgte uddannelsesaktiviteter.
Roskilde Universitetscenter (RUC) optog de første studerende i 1972, og i 1974 blev Aalborg Universitetscenter (AUC) skabt ved en fusion mellem en række allerede etablerede uddannelsesinstitutioner (Danmarks Ingeniørakademi i Aalborg, Aalborg Teknikum, Handelshøjskolen i Københavns Aalborgafdeling, Den Sociale Højskole og landinspektøruddannelsen). Der blev oprettet et Humanistisk Fakultet, et Samfundsvidenskabeligt Fakultet og et Teknisk-Naturvidenskabeligt Fakultet.
Da Aalborg Universitetscenter (AUC) i september 1974 slog dørene op for de første 854 studerende, var der ingeniøruddannelser, samfundsvidenskabelige uddannelser, herunder erhvervsøkonomiske uddannelser, en socialrådgiveruddannelse og en række humanistiske uddannelser rettet mod at blive gymnasielærer.
En af ideerne bag etableringen af de nye universiteter (AUC og RUC) var, at de skulle være en spydspids i reformeringen af universitetsuddannelser i Danmark og byde på nye tværfaglige og projektorienterede undervisningsformer. En af de nye arbejdsformer på AUC var de fire basisuddannelser: den teknisknaturvidenskabelige, den samfundsvidenskabelige, den musisk-æstetiske og den sproglig-pædagogiske, som dannede rammen om de studerendes første studieår. Her valgte man studieretning og blev introduceret til den særlige model for problembaseret læring (PBL), dvs. problemorienteret projektarbejde i grupper. En model, der siden er blevet meget udbredt og anerkendt, og som forankrer de studerendes læreproces i samfundsrelevante problemstillinger. Modellen fremmer samarbejdet og er et godt afsæt for studerende fra ikkeakademiske hjem.
Organisatorisk bestod basisuddannelserne af storgrupper med 80‑90 studerende, syv til ti undervisere samt en sekretær. I løbet af basisåret var der tre projektperioder med hver sin temaramme, indledt med undervisning og derefter projektarbejde i grupper af seks til otte studerende. I 1994, da Aalborg Universitetscenter blev til Aalborg Universitet, var basisuddannelserne og storgrupperne på retræte. På den samfundsvidenskabelige basisuddannelse havde man dog i en årrække et forløb, hvor nogle fag på 3. og 4. semester var fælles. Ideen var at give de studerende mulighed for et dybere indblik i og en større forståelse for andre faglige aspekter i deres projektarbejde. Det tværfaglige kom også til udtryk i utraditionelle fagkombinationer, der kunne tænkes på tværs af offentlige og private ansættelser. Eksempelvis uddannelsen i musikterapi, der kombinerer musik med psykologi, uddannelserne på Kommunikation og Digitale Medier, der kombinerer mediefag med kommunikation, ingeniøruddannelsen i Arkitektur og Design, der kombinerer teknologi med arkitektur og designkunst, og uddannelserne inden for erhvervssprog, der kombinerer fremmedsprog med økonomi. I det hele taget havde især humaniora været nødt til at nytænke deres uddannelser, da de i begyndelsen af 1980’erne frygtede at blive nedprioriteret af Undervisningsministeriet. Der var stor opbakning fra resten af universitetet, og daværende rektor Sven Caspersen udtalte i den forbindelse, at han nødig så universitetet reduceret til en kombineret ingeniør- og handelshøjskole.
Universitetet ekspanderede, og i 1995 blev Ingeniørhøjskolen i Esbjerg integreret i Aalborg Universitet som et led i en reform af ingeniøruddannelserne. AAU Esbjerg tilbyder nu fem bachelor-, fire diplom- og ni kandidatuddannelser på Det Ingeniør- og Naturvidenskabelige Fakultet.
I 2003 arbejdede AAU sammen med Ingeniørhøjskolen i København om at udbyde nye ingeniøruddannelser. Der kom ikke en sammenlægning ud af det, men i mellemtiden havde Det Teknisk-Naturvidenskabelige Fakultet etableret en række uddannelser, som ikke i forvejen fandtes i København, og det blev udbygget med en række samfundsvidenskabelige og humanistiske uddannelser. I 2012 ophørte samarbejdet med Ingeniørhøjskolen i København, og da afdelingen efterhånden var vokset betragteligt, blev universitetet flyttet fra Ballerup til de gamle Nokia-bygninger på A. C. Meyers Vænge i Københavns Sydhavn. I 2017 var alle fem fakulteter repræsenteret blandt studierne på Aalborg Universitet i København. Det omfattede 14 institutter, som tilsammen udbød ni bachelor- og 24 kandidatuddannelser. Pr. 1. oktober 2016 var der 3.296 heltidsstuderende på AAU i København.
Helt fra begyndelsen var der et ønske om at udbyde studier i alle fagområder til det regionale marked og dermed også et jurastudium og et medicinstudium. Det kunne man dog ikke få tilladelse til, og derfor begyndte man med en uddannelse i erhvervsjura i 1984 og fra 2006 en uddannelse i medicin med industriel specialisering. Jurauddannelsen blev oprettet i 2007, og etableringen af et Sundhedsvidenskabeligt Fakultet og medicinstudiet kom i 2010. I 2007 fusionerede Statens Byggeforskningsinstitut med AAU.
På Aalborg Universitet i Aalborg omfattede de fem fakulteter i alt 19 institutter (hvoraf nogle var flerfakultære). Campus i Aalborg havde pr. 1. oktober 2016 indskrevet 16.636 heltidsstuderende.
