Antallet af folkeskoler har siden slutningen af 1990’erne været ret stabilt. I 1980’erne og 1990’erne blev mindst 12 skoler lukket i Aalborg Midtby, i Nørresundby og i de østlige og vestlige bydele som følge af børnemangel. I forbindelse med Strukturreformen, hvor mange kommuner lukkede skoler, var der i Aalborg Kommune politisk enighed om så vidt muligt at undgå skolelukninger og fastholde alle 50 folkeskoler. Under den kommunale valgkamp i 2009 fik daværende borgmester Henning G. Jensen (S) således bred opbakning til, at de små skoler skulle bevares så længe, det var fagligt forsvarligt, og skolerne havde forældrenes opbakning. I 2016/17 havde Aalborg Kommune fem skoler med under 100 elever.
Ved skolestart i 2017 var der dog kun 49 skoler i kommunen, fordi Løvvangskolen i Nørresundby lukkede fra sommerferien 2017. For at løse et sundheds- og miljøskadeligt problem, der var opstået pga. de byggematerialer, skolen var bygget med, stod skolen foran en renovering på mellem 93 og 155 millioner kroner.
Vaarst-Fjellerad Skole er fra august 2017 lagt sammen med Gistrup Skole, der i forvejen fungerede som overbygningsskole. Sammenlægningen sker efter ønske fra begge skolebestyrelser, og der vil fortsat være skole på to matrikler, men med fælles ledelse.
Af særlige tiltag udbyder kommunen idrætsklasser på Sønderbroskolen for elever, der dyrker eliteidræt og har potentiale for at nå de højeste niveauer nationalt og internationalt.
Flere folkeskoler tilbyder modersmålsundervisning for børn fra EU- og EØS-lande. I skoleåret 2017/18 undervises der således i grønlandsk, islandsk og færøsk på Herningvejens Skole og i litauisk og polsk på Sønderbroskolen. Der er seks specialskoler for elever med særlige behov og et 10.-klassecenter, hvor man skal vælge mellem GYM10, EUD10, FLEX10 eller Aalborg Ungdomsskole.
Antallet af friskoler og private grundskoler har været nogenlunde stabilt de sidste ti år, men deres andel af eleverne er fordoblet siden 1971 og ligger tæt på gennemsnittet for regionen. De 12 skoler inkluderer fire privatskoler, herunder Sct. Mariæ som er en katolsk skole, og Skipper Clement Skolen med en international afdeling. Blandt de otte friskoler findes foruden friskoler i kommunens landdistrikter også bl.a. Mentiqa-skolen for børn med særlige forudsætninger. Nørre Kongerslev-Komdrup Friskole lukkede i 2014, da elevtallet kom under de 32, der er Undervisningsministeriets minimum. Samme år gik Vaarst Friskole konkurs.
