Aalborg Universitetshospital oprettedes pr. 1. januar 2013 i et samarbejde mellem Region Nordjylland og Aalborg Universitet, hvor lægeuddannelsen var blevet oprettet i 2010. Aalborg Universitetshospital omfatter sygehusene Aalborg Sygehus og Aalborg Psykiatriske Sygehus. I 2014 blev sygehusene i Hobro og Farsø lagt sammen med Aalborg Universitetshospital.
Aalborg Sygehus havde siden 2003 samarbejdet om varetagelsen af uddannelse og forskning med det daværende Århus Universitetshospital. Århus Universitetshospital bestod på dette tidspunkt af et samarbejde mellem Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet ved Aarhus Universitet, Århus Amt og en række sygehuse i Nordjylland. For Aalborg Sygehus betød samarbejdet bl.a., at der årligt var ca. 80 medicinstuderende fra Aarhus Universitet under uddannelse på stedet. Efter en del debat om det hensigtsmæssige i at oprette en fjerde uddannelse i Danmark gav Akkrediteringsrådet, der rådgiver videnskabsministeren i sager om nye uddannelser, opbakning til Aalborg Universitets planer, og regeringen godkendte i maj 2010 den nye lægeuddannelse i Nordjylland. Blandt argumenterne var, at uddannelsen skulle bidrage til at sikre fremtidig rekruttering af læger i Nordjylland, og at uddannelsen kunne indgå i et samspil med universitetets forskning i grænsefladen mellem medicin og teknik. I september 2010 begyndte ca. 50 studerende på den nye uddannelse i Aalborg. Samtidig var der ca. 80 nye studerende på det eksisterende studie i medicin med industriel specialisering.
Aalborg Universitetshospital er af historiske grunde placeret på en række forskellige adresser. Aalborg Sygehus opstod efter Kommunalreformen i 1970, hvor sygehusvæsenet, blev lagt ind under amterne. Reformen medførte, at de to sygehuse i Aalborg, nemlig Kommunehospitalet og Amtssygehuset blev samlet under Aalborg Sygehus, der herefter bestod af Afsnit Syd på Hobrovej (det tidligere amtssygehus) og Afsnit Nord i Urbansgade (det tidligere kommunehospital).
Aalborg Universitetshospital omfatter således i 2017 matriklerne Syd og Nord i Aalborg samt matriklerne i Farsø og Hobro og fire andre mindre matrikler i Aalborg. Øre-næse-hals-afdelingen, øjenafdelingen og dialyseafsnittet i Hjørring samt de ortopædkirurgiske afdelinger og klinikker i Hjørring, Frederikshavn og Thy-Mors er også en del af Aalborg Universitetshospital.
Et nyt hospitalskompleks i form af et nybyggeri på i alt 170.000 m2 er under opførelse i Aalborg Øst. Regionsrådet vedtog i 2007 en strukturplan for det nordjyske sygehusvæsen, som skulle samle Aalborg Universitetshospital på én lokation. Der var dengang flere forslag i spil, men konklusionen blev, at Region Nordjylland fik et nyt hospital i Aalborg Øst. Det var med i statsministerens åbningstale i Folketinget d. 6. oktober 2009, og i marts 2012 gav regeringen sit endelige tilsagn om, at Region Nordjylland får 4,1 mia. kr. til et nyt Aalborg Universitetshospital.
Det er planen, at de fleste af de funktioner, som i dag er på Aalborg Universitetshospital Syd og Nord, flytter ud på den nye matrikel; undtagen de nyere bygninger, Medicinerhuset og Onkologibygningen, som fortsat vil rumme ambulante funktioner. Når hospitalet står færdigt, vil nærmeste nabo være Aalborg Universitets Sundhedsvidenskabelige Fakultet, AAU Sund, som bygger nyt i tilknytning til universitetshospitalet. Det nye AAU SUND rummer ca. 24.000 m2 forsknings- og studiefaciliteter.
Det første hold læger fra Aalborg Universitet blev færdiguddannet i 2016. Størstedelen af lægerne har givet udtryk for, at de ønsker at blive i landsdelen, og med et optag på 150 lægestuderende årligt fra 2017 vil den nordjyske lægeuddannelse sandsynligvis være af stor betydning for rekruttering af nye læger i Nordjylland. Psykiatrien i Region Nordjylland er organisatorisk én samlet enhed, som ledes af en psykiatriledelse. Psykiatrien i Aalborg er endvidere en del af Aalborg Universitetshospital og omfatter Psykiatrien, Mølleparkvej med 102 sengepladser og Psykiatrien, Brandevej med 54 sengepladser.
Aalborg Universitetshospital er Region Nordjyllands største sygehus. Det er også Nordjyllands største arbejdsplads med ca. 6.000 fastansatte. Målt på antallet af senge er sygehuset med sine ca. 700 sengepladser også blandt landets største. Aalborg Universitetshospital varetager specialiserede landsdelsfunktioner for ca. 640.000 indbyggere, inkl. dele af Region Midtjylland. Hertil kommer regionsfunktioner for ca. 490.000 indbyggere samt basissygehusfunktioner for ca. 250.000.
