Asmild Kloster er formentlig oprettet i perioden 1160-80 som et augustinsk nonnekloster. Det blev anlagt ved en da allerede eksisterende treskibet basilika indviet til Sankt Margrethe, tæt ved Viborgbispens gård på østsiden af Søndersø. Om biskop Gunners embedstid 1222‑51 berettes det, at han dagligt lod nonnerne bespise med rigelige mængder mad og drikke fra bispegården, og i juledagene deltog han i deres gudstjenester. I det daglige var det dog de augustinske kannikker ved domkapitlet, der sammen med priorinden havde ansvar for nonnerne. Der vides ikke meget om nonnernes liv, men fund af synåle, sakse og fingerbøl tyder på, at tekstilarbejder er blevet udført på klosteret. Klosterkirken synes også at have fungeret som sognekirke for Asmild Sogn, hvor klosteret ejede de fleste bøndergårde og jorder.
Efter Reformationen blev klosteret i 1538 omdannet til et kongeligt len, der ofte blev givet som underhold for de nørrejyske landsdommere, men nonner omtales endnu i Asmild i 1552. I 1671 overgik Asmildgård til privat eje. De sidste rester af klosteret nedbrændte i 1713, mens klosterkirken endnu fungerer som sognekirke.
Undersøgelser af kirken og dens murværk samt arkæologiske udgravninger i perioden 1961‑70 har afsløret en kompleks bygningshistorie. Klosterbygningerne har ligget mod syd, og disses vestfløj menes i det nedre stokværk at have rummet kapitelsalen og i det øvre dormitorium (sovesal), hvorfra der synes at have været adgang til kirken gennem tårnpartiet, som havde et åbent galleri med udsigt over søen. En brønd er det eneste synlige spor af klosteranlægget i dag.
