I 1990’erne kom den første krise med store underskud, og der måtte tilføres ny kapital i større omfang. Den hidtidige konkurrent og leverandør, giganten Philips overtog en fjerdedel af aktiekapitalen.
I de kommende år frem til 2008 lykkedes det B&O at få overskud, men finanskrisen ramte også virksomheden, der i de kommende år måtte kæmpe med underskud eller meget små overskud. For at få bedre styr på omkostningerne blev mere og mere af produktionen outsourcet, og man satsede med introduktionen af B&O Play på nye produkter, der spillede sammen med de digitale medier. Samtidig lanceredes nye fjernsyn og nye højttalerløsninger. En særlig satsning var luksuslydsystemer til bilindustrien.
Virksomheden fortsatte imidlertid med at skuffe investorerne og måtte igen på jagt efter ny kapital. B&O valgte i begyndelsen af 2015 at sælge Automotive, deres lukrative afdeling for lydsystemer til bilindustrien, til Harman International for ca. 1,2 mia. kr. Harman har siden 2017 været en del af Samsung, men driver fortsat virksomhed fra Struer.
2017-18 fortsatte B&O med at have indtjeningsproblemer og måtte igen justere fremtidsplanerne.
Struer præges af B&O’s elegante hovedsæde, tegnet af Jan Søndergaard fra KHR Architecture og indviet i 1998, fabriksanlægget ved Hjermvej og den såkaldte B&O-by med parcelhuse til medarbejderne og gader navngivet efter stifterne.
Hovedsædet fra 1998 er blevet berømmet for sit svævende og lette udtryk, der giver associationer til B&O’s design. Bygningen står på betonpiller, så den ser ud til at svæve over terrænet. Facaden er overvejende i blank mur af mørkerøde mursten, men med den ene langside glasbeklædt, hvilket skaber en glidende overgang mellem ude og inde. Bygningen er smukt placeret i landskabet ved Struer, og der er fine udkig over naturen. Den blev i 2019 sat til salg, efter at virksomheden havde samlet administration og ledelse ved fabriksanlægget.
Da beskæftigelsen var på sit højeste i 1980’erne, havde koncernen ca. 3.000 medarbejdere. Efter frasalg og outsourcing er medarbejderstaben i 2018 skåret ned til at udgøre knap 1.000 ansatte, heraf 550 i Struer og ca. 200 i Kongens Lyngby.
Trods den ujævne udvikling har B&O haft en helt afgørende betydning for Struer Kommune og har skabt et internationalt orienteret teknologimiljø, der har været afsæt for en række nye virksomheder. Kommunen og erhvervslivet søger at styrke denne udvikling gennem projektet Sound Hub Denmark.