Boller Sø er med et areal på 5 ha og et vandvolumen på ca. 45.500 m3 den største sø i Hjørring Kommune. Søen blev tørlagt ved dræning i 1920, men blev genetableret i 1978. Gennemsnitsdybden er 0,91 m med en størstedybde på 1,35 m. Boller Sø modtager vand fra et opland på ca. 1.000 ha. Vandet i søen udskiftes i løbet af 5,4 dage. Den korte opholdstid skyldes den ringe dybde, og at Boller Sø gennemløbes af Boller Møllebæk. Vandet er klart på trods af en vis næringsstofbelastning.
Liden andemad dækker ca. 40 % af vandoverfladen. Derudover er der tre arter af flydebladsplanter, som dækker yderligere 5-10 % af vandarealet. Disse er hvid åkande, alm. vandranunkel og vandpileurt, hvoraf sidstnævnte er den mest dominerende. På trods af den veludviklede overfladevegetation har søen en udbredt bundvegetation af især alm. vandpest, som dækker ca. 75 % af bundarealet. Ud over vandpest findes også hårtusindblad og kruset vandaks.
Søen har en god bestand af gedde, suder, karusse, skalle, rudskalle og karpe. Desuden er der registreret både ål og ørred. Fiskebestanden er således domineret af arter, der kan tåle store udsving i temperatur og meget lave iltkoncentrationer. Suder og karusse kan eksempelvis tåle iltkoncentrationer helt ned til 0,5 mg ilt pr. l. De fleste fisk forsvinder, når iltkoncentrationen falder til under 4 mg ilt pr. l. Der er observeret 72 fuglearter ved Boller Sø. Ud over de mest almindelige arter kan man her se bl.a. stor skallesluger, isfugl og vandstær.
