Borup var oprindelig en landsby med kirke fra middelalderen. I 1856 kom jernbanen Roskilde-Korsør til området. Stationen blev i begyndelsen kaldt Svenstrup, da den blev lagt på godset Svenstrups jorder. Ved stationen blev der opført en kro med rejsestald, en købmandsgård, et apotek og en lægebolig. Mellem stationen og landsbyen Borup voksede stationsbyen frem langs Hovedgaden med rødstenshuse i to etager. I 1882 blev der bygget en ny skole som erstatning for den gamle, hvis historie går tilbage til 1661, og i 1917 en ny skolebygning ved siden af den fra 1882. I byen lå også et fattighus og et missionshus. Borup Andelsmejeri blev etableret i 1888, og i 1908 åbnede Borup Kemi, som udviklede sig til at blive Danmarks største producent af husholdningskemi.
I 1930 havde Borup 601 indbyggere, hvoraf 252 var beskæftiget med håndværk og industri, som dermed var den største erhvervsgren. I byen lå savværker og mejeri, der afspejlede de store skov- og landbrugsområder tæt på byen, samt virksomheder som Povl Møllers Maskinfabrik, der blev grundlagt i 1921. Nye institutioner kom til, fx Borup Centralskole (1940) og alderdomshjemmet (1952). Andelstanken var stadig aktiv i midten af 1900-tallet, og i 1949 åbnede et andelskølehus, mens et andelsvaskeri blev etableret i 1954. Med byens udvidelser i 1960’erne steg indbyggertallet til 1.591 i 1970.
I forbindelse med Kommunalreformen i 1970 blev Borup administrativt center i den nye Skovbo Kommune med rådhus, bibliotek, butikker og virksomheder, og med den boligmæssige udvidelse var byen den største i kommunen. Indbyggertallet fortsatte med at stige og lå i 1990 på 2.524; i 2006 var tallet 3.220. Eksempler på nye virksomheder er smede- og maskinværkstedet EB Teknik (1986) og elementfabrikken Leca (1991). Mange erhvervsaktive var dog pendlere og arbejdede i hovedstadsområdet. I 1988 åbnede Borup Privatskole, så der nu var to skoler i byen.
