Faaborgs mange velbevarede bygninger fra forskellige perioder fortæller om byens oprindelse ved havnen og dens udvikling som købstad. Midt på Torvet ligger det gamle råd-, ting- og arresthus, bygget 1839‑40 af bygmester Jørgen Hansen Lang efter tegning af Jens Poul Jacobsen. Her var byens rådhus indtil 1970; i dag er her turistinformation, museum og byhistorisk arkiv.
I Grønnegade 75 ligger Faaborg Museum, tegnet af Carl Petersen. Museet blev stiftet i 1910 af fabrikant Mads Rasmussen i samarbejde med kunstnergruppen Fynboerne. Museumsbygningen med det karakteristiske søjlesmykkede indgangsparti blev indviet i 1915 og betragtes som et hovedværk inden for nordisk nyklassicisme.
På Banegårdspladsen 7 ligger film- og kulturhuset Helios, der blev bygget i 1962 som kombineret biograf og teater- og koncertsal. I 2016 åbnede en ombygget udgave af Helios, nu med to biografsale. Facaden er udsmykket af Emil Salto med lysinstallationen Echoes. Sensorer på og inden i bygningen opfanger input som tid på døgnet, tid på året, antallet af mennesker i bygningen, temperatur samt vindforhold og omdanner dem til forskellige animationer af lys uden på bygningen. Tegnestuen Vandkunsten og C&W Arkitekter står bag ombygningen.
På Banegårdspladsen 2 ligger den tidligere stationsbygning og posthus, opført i 1882 af N.P. Holsøe. Siden jernbanen lukkede i 1987, har bygningen haft forskellige funktioner, og i 2014 blev bygningen en del af Øhavsmuseet.
De gamle købmandsgårde, som har præget bybilledet og byens historie, kan endnu ses i mere eller mindre modificerede udgaver. I Holkegade 1 ligger en købmandsgård, som i dag er museum. Den Voigtske Gård ligger lige inden for Vesterport, og i Østergade 1 ses endnu baghuset til Poul Kinafarers gård.
Samtlige bygninger på den østlige side af Nygade er opført i perioden 1823‑30, og oprindelig fremstod husene meget ensartede i bindingsværk inddelt i et dørfag og to vinduesfag med teglklædt heltag. I dag er miljøet mere varieret, men stadig et godt eksempel på den voksende bys nyere mere beskedne byggeri.
Østerbrokvarteret er et arbejderkvarter med lave bebyggelser opført fra 1800-tallet og frem til 1960’erne. Nogle bygninger har porte og baghuse, men hovedparten støder op til åbne gårde og havearealer. Det tidligere dommerkontor på Østerbrogade 48, opført i 1907, er en palælignende bygning i klassicistisk stil, der åbner ud mod fjorden. Indfaldsvejen Assensvej er karakteriseret ved, at bebyggelsen består af lave sammenbyggede landevejshuse og fritliggende enfamilieshuse på række med smalle forhaver.
