Der er fem kirkegårde på Fanø: Søndre Kirkegård i Rindby, Nordre og Vestre Kirkegårde i Nordby samt Sønderho Gamle og Ny Kirkegårde. De er alle ret åbne, med få gravsteder og overvejende græsklædte. Desuden præges kirkegårdene på Fanø af mindesmærker for de mange søfolk, der er omkommet på havet eller i krige.
Øst for Rindby ligger den lille Søndre Kirkegård med kapel fra 1894. Det er sognets ældste kirkegård med flere fine monumenter og gravminder. Da den gamle kirke her blev revet ned, blev den nuværende Nordby Kirke bygget i 1786 i klassicistisk stil. Den symmetriske Nordre Kirkegård anlagdes samtidig og omgives af en mur. I 1898 blev annekskirkegården Vestre Kirkegård i plantagen ved Fyrrevangen taget i brug.
Sønderho Gamle Kirkegård ligger omhegnet af lave, klippede hække. Kirkegården rummer tyske og en engelsk soldatergrav fra 1. Verdenskrig. Nord for byen, øst for Landevejen og over for Sønderho Mølle ligger assistenskirkegården Sønderho Ny Kirkegård fra 1923. Denne mindelund for over 500 søfolk, som døde på havet eller er begravet i fremmed jord, blev udformet af havearkitekt Johannes Tholle i 1949.
