Fanøs syv kulturhistoriske udstillingssteder og to arkiver er alle forenings- eller fondsdrevne med støtte fra Fanø Kommune. Det statsanerkendte Sydvestjyske Museer har ansvaret for nyere tids kulturhistorie i Fanø Kommune.
Fonden Gamle Sønderho, som blev oprettet i 1928 af en gruppe sommergæster og indbyggere, købte samme år Sønderho Mølle. I dag ejer fonden en række kulturhistoriske bygninger i Sønderho, som de sikrer bevarelsen af og viser frem for offentligheden. Kaptajnsenken Johanne Sørensen, kaldtet Hanne, begyndte allerede fra begyndelsen af 1800-tallet at åbne sin bolig på Øster Land og vise den frem for kulturhistorisk interesserede kunstnere og turister. Huset, som er opført før 1793, men ombygget flere gange i løbet af 1800-tallet, blev solgt med det oprindelige interiør til Fonden Gammel Sønderho i 1965 og har siden fungeret som museum. Fonden ejer derudover Sønderho Gamle Redningsstation, opført i 1887, på Sønderho Strandvej og Brandmuseum, som er indrettet i et tidligere sprøjtehus med sprøjtevogn fra 1895. Endelig ejer fonden Fanø Flisesamling, en samling af hollandske vægfliser fra perioden 1650‑1900, der kan opleves på Café Nanas Stue på Sønderland.
I det foreningsejede Fanø Museum (oprettet 1918) på Skolevej i Nordby fremvises efter en genindretning i 2018 et skipperhjem, som det kunne tage sig ud i Nordby omkring år 1900. Fanø Skibsfarts- & Dragtsamling åbnede i 1976 i Fanø Skibsrederforenings gamle forsamlingsbygning fra 1891 på Hovedgaden i Nordby. Fanøs to sognearkiver er selvejende institutioner, der begge drives af Fanø Lokalhistoriske Forening (oprettet 1987). Arkiverne har fælles økonomi, men hver sin afdeling på hhv. Landevejen i Sønderho og Midtbjergevej i Nordby.
