Kommunen har to kirker, hvoraf den ældste, Store Magleby Kirke, i sin nuværende form er fra 1611, mens Dragør Kirke er opført i årene 1882‑85.
Store Magleby Kirke har sandsynligvis haft en middelalderlig forgænger, hvorfra kirkens romanske døbefont samt et gotisk krucifiks muligvis er levn. Den store bygning, Hollænderbyens Kirke, hvis datering og ophav afsløres af en bygningstavle forfattet på nederlandsk, består af et langhus med faginddelende, ydre støttepiller samt tresidet korafslutning i øst. Materialet synes for langhusets vedkommende altovervejende at være kridtstenskvadre, mens nordsidens senere opførte sakristi er af munkesten. Over langhusets vestende rejser sig en tagrytter fra 1731, hvori klokkerne er ophængt, og desuden er omtrent midt på tagfladerne tilføjet i alt fem små kviste med trekantgavle. I murværket over sakristiets loft findes spor af et ældre og højere siddende vindue, hvilket betyder, at kirkens murhøjde på et tidspunkt er blevet reduceret. Dette kunne være sket samtidig med tagrytterens opførelse, idet kirken dette år gennemgik en større istandsættelse, der bl.a. omfattede tilføjelsen af den kraftige profilgesims. Også vinduerne blev ommuret i 1731, og i det indre blev vestenden udskilt med forrum og præsteværelse, mens kirkerummet blev overspændt af et stort fladbuet træhvælv. Stukloftet er derimod fra ca. 1855, hvor bl.a. også kirkens stolestader samt den iøjnefaldende altertavle i nygotisk stil blev installeret.
I anledning af kirkens 400-års jubilæum blev altertavlens oprindelige Th. Wegener-maleri fra 1860 i 2012 udskiftet med et maleri af Thomas Kluge. I kirken findes imidlertid også ældre inventar. Ud over døbefonten og krucifikset, der er et fint udført arbejde fra omkring 1525, er på kirkens nordvæg ophængt resterne af en katekismusaltertavle fra 1580. I alle felterne har der været gyldne indskrifter på sort bund, og en øvre baldakin har formodentlig udgjort den øvre afslutning. Indskriften har bl.a. omfattet nadverordene på latin og dansk. Den rigt udsmykkede og veludførte prædikestol i senrenæssance fra 1614 er sandsynligvis fremstillet i et københavnsk værksted og har en nær parallel i Gentofte Kirke. Korets glasmalerier er udført af Axel Hou i 1938.
Dragør Kirke, hvis indvielse fandt sted i 1885, er opført efter tegning af J.H. Wessel. Kirken var filialkirke til Store Magleby Kirke indtil 1954, hvor et selvstændigt sogn blev udskilt.
Bygningen, der er beliggende vest for den gamle bykerne, er opført i nygotisk stil og består af skib med et smallere og tresidet afsluttet kor mod øst. Ved skibets sydøsthjørne er opført et tårn, og på kirkens nordside findes et sakristi og et senere udvidet våbenhus. Byggematerialet er røde teglsten på en granitsokkel, mens tagene er skifertækkede. Skibets indre står med åben og rigt dekoreret tagstol, og som følge heraf strækker det store spidsbuede vestvindue sig omtrent halvvejs op i skibets gavltrekant. Det østligste af skibets tre vinduesfag dækkes i syd af tårn og orgelpulpitur, og ved korbuens nordside er en prædikestol med adgang fra sakristiet. I det overhvælvede kor, der ligger to trin højere end skibet, er en altertavle med motiv af den knælende Kristus, udført af F.C. Lund i 1884. I kormuren er indmuret en mindetavle med navne på 68 omkomne søfolk fra Dragør.
