I Dragør Kommune er 78,9 % medlemmer af folkekirken, og tallet ligger således over landsgennemsnittet på 75,9 % (2018). Sammen med Tårnby Kommune udgør Dragør Amagerland Provsti, beliggende i Københavns Stift. Provstiet har seks sogne og pastorater, hvoraf to ligger i Dragør Kommune: Dragør og Store Magleby Sogne. Der er fem sognepræster og to menighedsråd.
Efter den hollandske indvandring i 1500-tallet blev både dansk og nederlandsk anvendt som kirkesprog. I Store Magleby Kirke blev der således prædiket på nederlandsk og plattysk indtil 1811. Dragør blev et kirkedistrikt med filialkirke, der blev indviet i 1885 i nygotisk stil. Dragør var dog stadig en del af Store Magleby Sogn indtil sogneudskillelsen i 1954. Salmedigteren H.A. Timm var 1835‑66 sognepræst i Store Magleby.
Indremissionæren Peter Blomberg fik stor betydning i Dragør, dels med oprettelse af søndagsskole og vækkelsesmøder i 1870’erne, dels ved at foreslå opførelsen af en kirke i Dragør. Det lykkedes Blomberg at begynde en mindre vækkelse, ikke mindst blandt byens fiskere. Missionsfolkene holdt først til i den gamle dansesal, men i 1897 indviedes missionshuset, hvor menighedslivet i mange år udfoldede sig. Med tiden blev aktiviteterne flyttet til sognegården, og missionshuset blev solgt i 1996.
