Af Egedal Kommunes indbyggere er 78,14 % (2017) medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 75,9 %. Frederikssund Provsti i Helsingør Stift omfatter 25 sogne, heraf otte sogne i Egedal Kommune, med 15 pastorater, 34 præster og 18 menighedsråd. Der er tale om traditionelle landsogne, der for nogles vedkommende er præget af gammel kirkelighed fra før vækkelserne, og med vægt på lokale centre som sognegårde, præstegårde og middelalderkirker.
I Egedal Kommune er der to godkendte buddhistiske trossamfund. Foruden Wat Thai Brahma Vihara findes Dansk Dharmacenter (godkendt 2009), beliggende i Slagslunde, som er baseret på en japanskbuddhistisk tradition og fungerer som retræte- og uddannelsessted.