Sæby Kirke er en gotisk bygning opført i senmiddelalderen. Kirken står som et langhus opført i røde og gule teglsten med et kapel på sydsiden, som nu er integreret i skibet. Ældst er skibets fire vestligste fag, idet koret i ca. år 1500 blev nedrevet og forlænget mod øst. Ved samme lejlighed blev skibet forhøjet, de eksisterende hvælv nedrevet, og nye hvælv indbygget ca. 2 m højere oppe.
I kirkens indre påkalder kalkmalerierne sig opmærksomhed. På skibets nordvæg er der scener fra Jesu barndoms- og lidelseshistorie, malet umiddelbart efter skibets opførelse i midten af 1400-tallet. Hvælvudsmykningen er udført i 1500-tallets første fjerdedel af det såkaldte Sæbyværksted. I Sæby koncentrerer udsmykningen sig om Jomfru Marias barndom og skriftbånd placeret over afbildninger af en række af klosterets munke i hvælvkappernes flige, der anfører deres navne, fødested og akademiske grad. I kapelbygningen mod syd er hvælvene smykket med løvværk, formentlig malet i ca. 1525. På alteret står en fløjaltertavle fra ca. 1520 af nederlandsk herkomst. I midterfeltet ses en fremstilling af Jomfru Maria med Jesusbarnet.