Fiskerlejet Sønderho, som menes at stamme fra 1400‑1500-tallet, fik en kraftig opblomstring i anden halvdel af 1700-tallet, hvor bebyggelsen udviklede sig til en driftig og velstående by, præget af søfart og skibsbyggeri. Da Englandskrigen begyndte i 1807, rådede Sønderho over 93 fartøjer, mens 72 hørte til i Nordby. Fanøskibene krævede da en bemanding på over 400 mand, og der blev derfor hyret mange matroser fra fastlandet. I 1700-tallet foregik sejladsen fortrinsvis i de nære farvande, men fra ca. 1820 blev det også almindeligt at se Fanøskibe i vesteuropæiske havne. Landbruget i Sønderho var præget af fåreavl. For at skaffe tilstrækkeligt med foder til husdyrene opkøbte fannikker allerede fra 1500-tallet engarealer på fastlandet, og i midten af 1800-tallet ejede ca. 50 beboere i Sønderho og Nordby andele i Mandø Hølade, et område ved Ribe Å. I 1787 og i 1801 blev der registreret hhv. 777 og 867 indbyggere i Sønderho by og sogn, og i det meste af 1800-tallet lå antallet på omkring 1.000.
Søfarten forblev den vigtigste næringsgren i Sønderho gennem hele 1800-tallet. Antallet af fartøjer faldt i forhold til 1700-tallet, men til gengæld blev de stadig større. Ved udgangen af 1800-tallet var der sejlskibe fra Fanø på farten i alle verdensdele, men sejlskibene var da ved at tabe konkurrencen til mere moderne skibstyper. Sejlskibsæraens afslutning førte til et markant fald i Sønderhos befolkningstal. Højdepunktet blev nået i 1890 med 1.057 beboere i sognet, hvoraf 489 blev forsørget gennem søfart. I 1925 var tallet kommet ned på 547, hvoraf 471 boede i byen, og selv om transportsektoren stadig var det erhvervsområde, der forsørgede flest mennesker, nemlig 195, spillede håndværk og industri nu også en væsentlig rolle.
Sønderho fik en række nye bygninger i årtierne omkring år 1900, bl.a. redningsstation (1887), andelsmejeri (1893), to forsamlingshuse (1893 og 1919) samt missionshus (1909). Befolkningstallet fortsatte med at falde jævnt efter 1920’erne, og i 1970 var det på 327. Til gengæld voksede byens turisme takket være det velbevarede bygningsmiljø og den fine strand, hvor der allerede i 1893 blev etableret et badested med pavillon, restauration og adskillige badevogne. Sønderho udgjorde en selvstændig kommune indtil 1970, og byen havde derfor i en årrække kommunekontor.
Siden 1970 har turismen været i vækst, og den gamle bykerne blev omgivet af sommerhuse og campingpladser. Der blev åbnet flere museer siden 1990, bl.a. Fanø Kunstmuseum i 1992. Indbyggertallet nåede i 2006 ned på 283.
