I 2021 var der fire daglige ruter med mange afgange til og fra Ærø.
De tre drives af det kommunalt ejede Ærøfærgerne. Det er ruten Ærøskøbing-Svendborg (overfartstid 75 min.) og to ruter fra øens nordligste by, Søby, til hhv. Faaborg og Fynshav på Als (med overfartstid på hhv. 60 og 55 min.). Ruten til Fynshav besejles af elfærgen Ellen, som er resultatet af et kommunalt projekt, der ud over støtte fra kommunen selv bl.a. har modtaget 119 mio. kr. fra EU’s Horizon 2020. E/F Ellen har sejlet på ruten siden august 2019 og har ladestation i Søby. Kommunen driver også en mindre postbåd, der medtager passagerer og sejler mellem øen Birkholm og Marstal.
Den fjerde færgerute er det privatejede ÆrøXpressen A/S, der i december 2019 genoplivede den gamle rute mellem Marstal og Rudkøbing på Langeland med en overfartstid på 50 min. Ruten havde været lukket siden 2013. ÆrøXpressen har omkring 1.800 aktionærer og er startet på lokalt initiativ. Selskabet regner med i løbet af få år at få overskud på driften.
Staten giver årligt et tilskud til at nedsætte billetpriserne på alle øens færger. Beløbet er for 2021 budgetteret til 30 mio. kr., og hertil kommer særordninger med helt gratis færger i perioder under coronakrisen.
Ærø Kommune dækker underskuddet for det kommunalt ejede Ærøfærgerne. Udgiften er for 2021 budgetteret til 29 mio. kr., hvilket er baseret på en forventning om lidt over 0,5 mio. passagerer.
