Aarup var oprindelig en mindre landsby, men i 1865 kom jernbanestrækningen Den Fynske Hovedbane til området, og der blev opført en stationsbygning. Herefter opstod der hurtigt købmandsgårde, og der kom bl.a. apotek, gæstgivergård og læge. En kirke blev indviet i 1903, senere fulgte elværk i 1905 og vandværk i 1911. Aarup Sygehus stammer fra 1914. Aarup udviklede sig til en oplandsby med handel og servicefunktioner.
Indbyggertallet lå i 1921 på 956, og dette tal var i 1950 steget til 1.153. I 1959 åbnede skumgummivirksomheden Dan-Foam ApS, der bl.a. producerer madrasser, og fra 1963 skabte Landbrugsmaskinfabrik MICA mange arbejdspladser i byen; på dens højeste var der ca. 150 medarbejdere. Fabrikken blev i 1993 overtaget af Kongskilde Maskinfabrik.
Aaruphallen åbnede i 1966. I 1966 blev Aarup administrativt center i den nyoprettede kommune af samme navn. Befolkningstallet var i 1970 steget til 1.675 for at vokse til 2.731 i 2006. I 1992 åbnede virksomheden Scankab Cables, der producerer kabler.
