Lystrup har en befolkning på 10.425 og et areal på 5,1 km2. Byen ligger 9 km nord for Aarhus og 4 km nordvest for Egå Havn ved Århus Bugt. Den er anlagt på en sydvendt moræneskråning med småskov og talrige vandfyldte huller efter dødis. Byens terræn falder fra ca. 60 m ned til en bred tunneldal, hvis flade bund i 1 m’s højde er dækket af aflejringer fra Littorinahavet. Her skabtes i 2006 den 115 ha store Egå Engsø, da man ophørte med at dræne området. Langs byens vestgrænse løber Ellebæk, der indgår i et lokalt klimasikringsprojekt. De nyeste dele af byen ligger i nordøst, og Letbanen standser ved Sønderskovvej, Lystrups hovedakse, og ved Hovmarken i sydøst. Et nyt spor fører mod sydvest til Lisbjerg, og i det åbne land mellem Lystrup og Lisbjerg opføres byen Nye. Djurslandmotorvejen fra 2010 passerer mellem byen og Egå Engsø.