Mariager opstod formentlig, efter at birgittinerklosteret var oprettet omkring 1440. Klosteret lå på et bakkedrag syd for byen. Inden klosterets oprettelse lå der formentlig en stormandsgård på dette bakkedrag, og ved fjorden blev gårdens kirke, Sankt Peder Kirke, bygget, måske allerede i 1200-tallet. Kirken lå på den nuværende Egeplads.
Den 10 x 35 meter store, hvidkalkede langhuskirke var primært bygget i gule munkesten, og fra byens opståen til 1588 fungerede den som sognekirke. Herefter overtog den tidligere klosterkirke funktionen, og Sankt Peder Kirke blev revet ned.
Mariager udviklede sig som følge af Mariagerklosters anlæggelse til en by. De første vidnesbyrd om Mariagers bymæssige status er omtalen i 1457 af bytinget og i 1495 af byfogeden og byskriveren. Klosteret fik 1449-65 kongeligt privilegium på afgiftsfri havn og færgefart samt birkeret (egen retskreds). Et brev fra 1541 tyder på, at klosteret også havde eneret på handel i en vis omkreds fra byen, hvis erhvervsliv må have nydt godt af denne beskyttelse. Det har utvivlsomt også stimuleret efterspørgslen hos byens handlende og håndværkere, at en del adelsmænd erhvervede ejendomme i byen omkring år 1500.
Mariagerklosters ejendomme, herunder byens grunde, overgik ved Reformationen til kronen. I 1583 fik husejerne i Mariager dog ejendomsret til deres grunde. Selv om kongemagten i 1500-tallet ofte behandlede Mariager på lige fod med købstæderne, fik byen først købstadsprivilegier i 1592.
Byplanen er bygget op omkring landevejene fra vest, syd og øst. Den ældste del af Mariager er givetvis den østlige ved Torvet og langs Fuglsangsgade. Her er bevaret fem hvælvede, teglbyggede kældre fra omkring år 1600. Fra øst har bebyggelsen bredt sig til Kirkegade og til Sankt Peder Kirke. Vest for kirken lå en vandmølle med mølledam, oprindelig ejet af klosteret. Fra midten af 1500-tallet foregik der en stor tegl- og især kalkproduktion langs Mariager Fjord, og fra Mariager blev der afsendt et utal af skibsladninger til andre dele af landet. Derudover var der en mindre eksport af korn til Norge.
Kalkbrændingen ophørte stort set omkring år 1700, da egnens skove var forhuggede. På grund af det beskedne opland, konkurrence fra nabobyerne og den ringe kvalitet af byens jorder ramte den generelle købstadskrise fra ca. 1660 til slutningen af 1700-tallet Mariager hårdere end mange andre byer.
Selv om Mariager ligesom de fleste andre købstæder oplevede økonomisk fremgang i både 1800- og 1900-tallet, forblev byen en af Danmarks mindste købstæder. I 1801 blev der registreret 393 indbyggere, i 1850: 546 og i 1901: 914. Håndværk beskæftigede flest mennesker, men de mest succesfulde virksomheder var tre cementfabrikker, der blev anlagt i hhv. 1873, 1887 og 1907. Der var desuden teglproduktion i byen. Mellem 1860 og år 1900 fik byen bl.a. en borger- og realskole, en teknisk skole, et epidemisygehus og en pleje- og arbejdsanstalt.
Fra 1921 til 1960 voksede Mariagers befolkningstal fra 1.034 til 1.483. Håndværk og industri var de vigtigste erhverv, og i 1960’erne havde byen bl.a. et andelsmejeri, en konservesfabrik, en trælasthandel og en konfektionsfabrik. Af stor betydning var også åndssvageanstalten Sødisbakke (opført 1938-39), som fra 1958 i alt kunne huse 274 klienter, hvortil kom 80 funktionærer. I 1927 blev der indviet en jernbane fra Mariager til Fårup, hvorfra der var togforbindelse til Viborg. Persontrafikken på Mariagerbanen ophørte i 1966.
Indbyggertallet i Mariager steg med 48,7 % fra 1.692 i 1970 til 2.516 i 2007. Efter en langsom begyndelse i 1970 voksede erhvervsområdet i Klostermarken. Landbrugsjorden omkring byen blev udstykket til parcelhuse, senest Oxenhøj øst for byen i 2006. Mariager fik mere tæt-lav bebyggelse, men en bevarende lokalplan fra 1992 beskytter det ældste købstadsmiljø.
Turisterne overtog jernbanen og søvejen. Veteranbanen Mariager-Handest åbnede i 1970, og passagersejladsen til Stinesminde blev indstillet i 1973. Havnen skiftede også karakter. I 1977 kom marina, og trafikhavnen lukkede i 1989. Her åbnede Mariager Saltcenter i 1998 og blev en af områdets store attraktioner.
