Middelfart Sygehus er en del af Sygehus Lillebælt, der er under Region Syddanmark og desuden består af sygehusene i Kolding og Vejle. Sammenslutningen af sygehusene skete i 2008 og var et led i den centralisering af sygehusvæsnet, som efter år 2000 blev gennemført landet over. Ønsket var at samle specialerne, så der kunne opnås større ekspertise og erfaring. Det betød, at de enkelte sygehusopgaver blev delt mellem de forskellige hospitaler.
Efter omlægningen modtager Middelfart Sygehus ikke længere patienter med akut opståede sygdomme, kun patienter henvist fra egen læge eller til rygcenteret fra egen kiropraktor.
Den mest kendte afdeling på Middelfart Sygehus er Rygcenter Syddanmark. Her undersøges og behandles patienter med rygsygdomme fra hele regionen. Rygsygdomme er i dag en folkesygdom, og planen med rygcenteret er at tilbyde tværfaglig undersøgelse af patienterne foretaget af hhv. gigtlæger, rygkirurger, kiropraktorer og fysioterapeuter. Hermed kan det samtidig sikres, at unødvendige operationer undgås. Det har i 2010’erne været en bevidst plan at tilbyde træning før operation til langt de fleste patienter. Rygcenteret modtager ca. 17.000 henvisninger om året, hvoraf omkring 1.000 har behov for en operation. Rygcenteret er også kendt for sin forskning i rygsygdomme samt for undervisning af sundhedspersonale. Rygcenteret har også en afdeling i Sønderborg.
På sygehuset findes tillige Smertecenter Middelfart, der behandler patienter med kroniske smerter, hvilket også sker tværfagligt med medvirken af læger, psykologer og fysioterapeuter. Desuden er der på sygehuset en anæstesiafdeling (narkose) med opvågningsrum. Det er muligt at få taget blodprøver og hjertekardiogram samt foretaget røntgenundersøgelser på sygehuset. Samlet havde sygehuset i 2019 knap 250 ansatte.
