Pandrup var oprindelig en øst-vest-orienteret landsby med skole og smedje på den nuværende Blokhusvej. Den primære indtægtskilde var landbrug. Med andelsbevægelsen fulgte Pandrup Andelsmejeri (grundlagt 1888), og i 1891 blev byen tingsted for Hvetbo Herred. Det var imidlertid jernbanen, som ændrede Pandrup, og da Pandrup, ligesom nabobyen Kås ca. 4 km derfra, i 1913 blev stationsby på Hjørring-Løkken-Aabybro-banen, fulgte de to byer i mange år samme udvikling.
Byens centrum rykkede mod øst til landevejen og stationen, hvor Pandrup fik alle stationsbyens funktioner med post- og telegrafkontor samt handel og håndværk. I 1934 indledte man traditionen med Pandrup Hestevæddeløb, som stadig afholdes.
I Pandrup voksede handelen omkring Bredgade, hvor de lave huse fra 1920’erne og 1930’erne stadig præger bybilledet. Indtil 1970 var der kun få industrivirksomheder i byen, dog kan nævnes Pandrup Brød (grundlagt 1941), Kaas-Pandrup Betonvarefabrik (grundlagt 1946) og Pandrup Tæppefabrik (grundlagt 1957).
Det voksende indbyggertal betød, at Pandrup fik teknisk skole (opført 1939), handelsskole (opført 1941), mellem- og realskole i 1943 og kommuneskole opført i 1958. I 1960’erne voksede et parcelhuskvarter frem øst for byen, hvor også de første fabrikker lå, men skolens placering mod vest gjorde, at udviklingen også fortsatte i det område. I 1963 blev jernbanen nedlagt og erstattet af rutebiler.
Kommunalreformen i 1970 medførte fremgang for Pandrup, og indbyggertallet blev næsten fordoblet fra 1.525 i 1970 til 2.789 i 2006. Byen voksede omkring hovedgaden, især mod vest, og industrikvarteret mellem Pandrup og Kås tiltrak mange virksomheder.