Sankt Clemens Kirke er en ødekirke i København. Den ældste omtale af Sankt Clemens Kirke er fra 1192, og der kendes fundamenter fra en kirke i tegl- og kridtsten beliggende under det nuværende Strøget. Fundet af en række grave dateret til 1000-tallet viser, at der sandsynligvis lå en træbygning på stedet i 1000-tallet. I årene 1553‑54 var kirken nedlagt og omtaltes som et stenbrud.
Kirken var viet til Sankt Clemens og formodes at være opført på kongeligt initiativ eller af nogen tæt på den kongelige familie. Både kirken og kirkegården menes at ligge under Strøget ca. 50 m fra Rådhuspladsen, hvor rester af grundmur af tegl og kalk er fundet i flere tilfælde. Den nordlige del af kirkegården blev undersøgt i 2008, hvor der blev fundet mere end 1.000 grave, som viser intensiv anvendelse fra 1000-tallet og frem til Reformationen. Kulstof 14-dateringer sammenholdt med smykkefund indikerer, at gravlæggelserne indledtes ca. 1050, omtrent samtidig med at en ukendt kirke på Rådhuspladsen opførtes. Da stenkirken ikke er ældre end 1100-tallets sidste årtier, må der således have eksisteret en forgænger til den kendte teglkirke.
Sankt Clemens Kirke lå formentlig umiddelbart vest for et hesteskoformet anlæg med en vold og en 6‑8 m bred grav.
