Det middelalderlige Skibby er i 2013 dokumenteret arkæologisk ved udgravningen af gruber med affald fra 1200- og 1300-tallet fundet i præstegårdens have.
Skibby nævnes i Kong Valdemars Jordebogs købstadsliste fra ca. 1240. Om byen egentlig fik købstadsrettigheder, og hvornår det i givet fald skete, vides ikke. Byen blev i alle fald ikke anset som købstad efter år 1500. Skibby Kirke vidner om, at byen har haft en vis regional betydning, da den er markant større end traditionelle landsbykirker. Byen er bl.a. kendt for Skibbykrøniken fra 1500-tallet, skrevet af teologen Poul Helgesen. Den blev fundet indemuret i Skibby Kirke i 1650.
Landbrug var byens primære ernæring, fra 1800-tallet suppleret med lidt industri og handel. I 1869 blev Horns Herreds Arbejds- og Forsørgelsesanstalt oprettet i et samarbejde mellem Skibby og de omkringliggende sogne. En højskole blev anlagt i 1868, men nedlagt efter få år. Skibby fik også andelsmejeri og et postkontor. En privat realskole fik ikke lang levetid. I 1903 oprettede byens borgere et vandværk.
Skibby voksede langsomt til 1.549 indbyggere i 1970. Der var vækst i handel, industri og liberale erhverv. I årene 1928‑36 gik jernbanen Den Sjællandske Midtbane gennem byen. Byen fik teknisk skole, alderdomshjem, apotek, sparekasse, bank, biograf, andelsmejeri og -kølehus. Af industri var der bl.a. fjerkræslagteri og pelsdyrfarm. I 1966 blev Skibby en del af Skibby Kommune ved sammenlægning med nabosogne og var kommunens administrationscentrum indtil Strukturreformen i 2007.
I 1980’erne førte butiksdød til dannelsen af foreningen Skibby Aktive, som vendte udviklingen med bl.a. en ny bymidte i 1997.
Opslag af Skibbykrøniken.
