Slangerup nævnes første gang i en tekst dateret til 1158‑60, som viser, at der lå en kongsgård på dette sted. Der er foretaget flere arkæologiske udgravninger i byen, bl.a. af kong Erik Ejegods store frådstensbasilika fra ca. år 1100 og tilhørende kloster anlagt i ca. 1170. Det opnåede stor anseelse, og i 1344 blev kong Valdemar Atterdags kusine optaget i klosteret.
De ældst kendte købstadsprivilegier er fra 1302, men Slangerup blev betragtet som en købstad i alt fald fra midten af 1200-tallet, hvor byen omtales i Kong Valdemars Jordebog. Slangerup blev ca. 1250 hjemsted for Try herredsting.
Syd for Kirketorvet, på skråningen ned mod Græse Å, er der gjort mange metalfund fra hele middelalderen, og ved den nuværende kirkegårds sydlige dige er der afdækket bebyggelsesspor i form af kulturlag og syldstensrækker fra flere middelalderlige huse. Der blev også fundet Østersøkeramik, hvilket bekræfter, at området her har været bebygget allerede før midten af 1200-tallet.
I 1578 og igen i 1631 fik borgerne i Slangerup ret til at bygge pakhuse ved Sundby (det senere Frederikssund), og regnskaber fra 1620’erne viser da også, at folk fra Slangerup drev kornhandel med hollændere via Sundby. Ellers var salg af øl og brændevin, bl.a. til egnens landsbykroer, de vigtigste erhverv i 1600‑1700-tallet. Slangerup fik i 1700-tallet øget konkurrence fra nabobyerne, især Hillerød. Omkring år 1800 var Slangerup en af de mindste og fattigste byer på Sjælland, og derfor fik byen i 1809 frataget sine købstadsprivilegier.
Trods tab af købstadsrettigheder havde Slangerup i 1800-tallet flere handlende og håndværkere end de fleste landsbyer, og endnu i 1870’erne blev der afholdt fire årlige markeder i byen. Befolkningstallet voksede fra 336 i 1801 til 663 i 1850 og 719 i 1901.
Mellem 1930 og 1970 voksede indbyggertallet fra 1.090 til 3.036. Gennem hele perioden var håndværk og industri de vigtigste næringsgrene. Landbruget blev stærkt reduceret, mens der var en stor vækst i antallet af personer, der levede af handel, administration og liberale erhverv.
Efter en kraftig vækst i 1970’erne gik befolkningstallet i Slangerup kun langsomt opad i den følgende tid, og i 2004 havde byen 6.562 indbyggere. Administration og service beskæftigede en stadig større del af befolkningen; i 2002 drejede det sig om 42 %. Samme år arbejdede 29 % inden for håndværks- og industrisektoren, og 25 % med handel eller transport. Slangerup var administrationscenter indtil Strukturreformen i 2007, hvor Slangerup Kommune blev delt mellem Frederikssund og Hillerød Kommuner.
