Aabenraa Sygehus har siden begyndelsen af 1990’erne ligget lige nordvest for Aabenraa tæt ved motorvej E45. I forbindelse med Strukturreformen kom sygehusene i Sønderjylland fra 2007 under Region Syddanmark, og Aabenraa Sygehus blev samtidig lagt sammen med sygehusene i Tønder, Haderslev og Sønderborg under det samlede navn Sygehus Sønderjylland.
Med den store omlægning blev Aabenraa Sygehus til områdets store akuthospital. Det var i overensstemmelse med Sundhedsstyrelsens ønsker om færre men større faciliteter til at modtage patienterne. Ændringerne i sygehusstrukturen medførte store diskussioner og især utilfredshed i de områder, der mistede deres akutafdelinger. Beslutningen om at gøre Aabenraa Sygehus til akutsygehus blev derimod modtaget med stor tilfredshed i Aabenraaområdet.
Planen betød, at Aabenraa Sygehus skulle udbygges og gøres større til modtagelse af patienter fra hele området. Regeringen bevilligede penge til udvidelsen via den såkaldte kvalitetsfond til modernisering af de danske hospitaler, og byggeriet blev færdigt i 2020.
Sygehuset havde i 2020 ca. 270 sengepladser og planlægger ca. 36.000 indlæggelser og 300.000 ambulante besøg pr. år. Det udvidede sygehus er på knap 80.000 m2 og dermed over tre gange så stort som det oprindelige byggeri fra begyndelsen af 1990’erne. Sygehuset behandler ikke kun akutte patienter; der er bl.a. afdelinger for brystkirurgi, almen kirurgi og ortopædkirurgi.
Ud over barselsafdelingen er der en særlig neonatalafdeling til bl.a. for tidligt fødte. Den særlige intensivafdeling behandler de meget syge patienter, hvoraf en del er i respirator. Patienter med sygdomme, der kræver mere specialiseret behandling, bliver oftest overflyttet til Odense Universitetshospital (OUH). Ud over patientbehandling er der både uddannelse og forskning på sygehuset. Der er således uddannelse af medicinstuderende til læger og videre til speciallæger. Sygehuset deltager også i uddannelse af sygeplejersker, jordemødre og bioanalytikere samt administrativt personale. Sygehuset i Aabenraa er den største enhed i Sygehus Sønderjylland. Der var i 2019 ca. 1.700 medarbejdere, der tilsammen dækkede ca. 1.500 fuldtidsstillinger.
