Kun få af middelalderens danske klostre har ligget på småøer. Et af disse er Eskilsø Kloster, der muligvis er stiftet af den senere ærkebiskop Eskil 1134‑37. Klosteret på den lille ø i Roskilde Fjord var indviet til Sankt Thomas og beboet af augustinske kannikker, der muligvis var tilknyttet Roskilde Domkirke. I 1160’erne herskede angivelig udisciplinerede forhold på Eskilsø, hvor kannikkerne spiste, drak og dansede med lægfolk i klosteret og forsømte deres tidebønner og messer. Derfor tilkaldte biskop Absalon i ca. 1165 kannikken Vilhelm fra Paris, som han lod indsætte som abbed på Eskilsø med henblik på at reformere klosteret. Vilhelms nøjsomhed og asketiske kostplan, der bestod af »træernes blade og vilde urter«, som det hedder i hans levnedsbeskrivelse, drev nogle på flugt og andre til drabsforsøg på ham. Biskop Absalon forøgede klosterets jordbesiddelser og indtægter, der bl.a. omfattede sognekirken og en gård i Tjæreby ved Arresø; kirken skulle betjenes af en af kannikkerne.
I midten af 1170’erne blev det besluttet at flytte hele klostersamfundet fra Eskilsø til gården i Tjæreby, hvilket dels blev begrundet med, at øen var plaget af oversvømmelser, dels at det var svært at skaffe proviant til klosteret om vinteren. Det nye kloster, som blev til Æbelholt, bevarede sin tilknytning til Eskilsø.
Øen forblev i klosterets eje og blev drevet som en ladegård, en såkaldt grangie, i de følgende århundreder. Klosterkirken fortsatte desuden som kapel, betjent af en udstationeret kannik, der residerede på ladegården.
Senest ved Reformationen ophørte brugen af kapellet, og i 1560 overgik kannikkernes ladegård også til herregården Selsø.
I klosterets korte levetid opførtes en lille stenkirke bestående af apsis, kor og skib, som kort efter opførelsen fik tilføjet et tårn. Kirkens ruin på en bakketop nordvestligt på Eskilsø er endnu bevaret i mere end 2 m’s højde; byggematerialerne var kampesten med detaljer i både fråd- og kridtsten. Selve klosterbygningerne lå formentlig syd for kirken eller ved den nutidige avlsgård, ca. 400 m sydvest for kirkeruinen.
Kirkebygningens videre skæbne efter Reformationen er dårligt kendt. Spor af reparationer med tegl i forskellige formater viser, at den har været benyttet langt frem i tiden, men ikke til kirkelige formål.
