Lerkenfeld rejser sig på et stort kvadratisk og delvis stensat voldsted med vandfyldte grave på alle sider. Godset kendes fra begyndelsen af 1400-tallet som sædegården Bonderup. I midten af 1500-tallet begyndte opførelsen af den nuværende hovedbygning i mur og bindingsværk over ældre fundamenter og kældre. Omkring 1560 blev bygningen omsat i munkesten, og et rundt, nordvendt trappetårn blev opført mod gårdspladsen. Hen imod år 1600 fuldførtes anlægget med to korte sidefløje i øst og vest. En nordfløj af uvis alder har hørt til anlægget, men den blev nedrevet allerede omkring 1670.
I 1681 blev den nyadlede landsdommer Peder Lerche eneejer af Bonderupgård, og godset omdøbtes i 1689 til Lerkenfeld. I 1695 havde Lerche samlet tilstrækkelig jord til, at Lerkenfeld kunne ophøjes til et stamhus for hans efterslægt. Stamhuset blev dog nedlagt allerede i 1743, og året efter overtog Wulff Caspar von Lüttichau Lerkenfeld, hvis indre kort efter blev indrettet i rokokostil.
Sønnen, Chr. Cæsar Lüttichau, afhændede i 1792 godset til tre brødre Mikkel, Jens og Peder Kjeldsen, og godset har siden, omend ikke i lige linje, været i Kjeldsen-slægtens eje. Det har siden 1956 tilhørt H.O.A. Kjeldsen, tidligere præsident i Landbrugsrådet, og godsets godt 600 ha drives i dag af sønnen Mikkel Kragh Kjeldsen.