Møgeltønderhus, det nuværende Schackenborg, er uden tvivl den ældste borg i kommunen. Ribebispens gård i Tønder (dvs. Møgeltønder) nævnes i 1214 og op igennem århundredet som det sted, bønderne i området skulle aflevere afgifter. Biskoppen stod i 1260’erne på den danske konges side mod hertug Erik Abelsen, der i 1265 brændte Møgeltønderhus ned, samtidigt med at han byggede sin egen borg i købstaden Tønder. Møgeltønderhus, som borgen nu kaldtes, blev hurtigt genopført som en stærk fæstning og var resten af middelalderen Ribebispens hovedborg og administrative centrum i den sydligste del af Ribe Stift.
Den middelalderlige borg er stort set forsvundet ved etableringen af Schackenborg i 1660’erne, men den omfattede den sydlige halvdel af den hovedbanke, hvorpå det nuværende slot ligger. Den sydvestlige del af voldgraven omkring Schackenborg er antagelig rester af den middelalderlige voldgrav. Sydfløjen er i sin kerne en senmiddelalderlig fruerstue (kvindernes opholdsrum) fra den gamle borg, og på gårdspladsen, nordøst for sydfløjens gavl, har det store middelalderlige tårn sandsynligvis været placeret.
