Mørkhøjs historie går tilbage til middelalderen. Blandt landsbyens gårde var Mørkhøjgård, der i dag ligger på Mørkhøj Bygade 19.
Mørkhøj var i 1920 en landsby med 239 beboere fordelt på otte gårde, en smedje og et par større gartnerier. 50 år senere var indbyggertallet vokset til 8.893, gårdene udstykket, den oprindelige bymidte indlemmet i Gladsaxe Industrikvarter og det nye Mørkhøj vokset op i det område, der oprindelig blev kaldt Stavnsbjerg. En skole blev indviet i 1948, biblioteket i 1949 og Mørkhøj Kirke i 1960. Den nuværende Mørkhøj Skole stammer fra 1954, mens Enghavegård Skole og Blaagaard Seminarium blev taget i brug i 1963.
Mange indbyggere i Mørkhøj var selvbyggere. Arkitekt J.L. Meulengracht ønskede at give arbejderne bedre boliger, og i 1929 opkøbte han en gård og udstykkede den i 100 parceller. Køberne fik som en form for bonus mulighed for at vælge mellem huse tegnet af Meulengracht. Det blev til bebyggelsen Lillegårdens Villaby fra 1930’erne, og i 1940’erne gentog han succesen med 258 nye selvbyggerhuse i Toftegårdens Haveby.
I 1958 købte Radiorådet Enghavegård og påbegyndte byggeriet af TV-Byen ved Gyngemose. I 1965 gik Gladsaxe Kommune ind og hjalp tredje bølge af selvbyggere i gang i Mørkhøj.
Omkring 1980 kunne Mørkhøj betragtes som fuldt udbygget. I 1971 blev det nødvendigt at udvide kirken, endnu en udvidelse blev indviet i 1999. Det kommunale ældrecenter Gyngemosegård og omsorgscenteret Rosenlund blev indviet i hhv. 1993 og 2001.
