Nykøbing M er kommunens administrative centrum og øens største by med en befolkning på 9.135 og et areal på 635 ha. Byen kranser en lille bugt ved Sallingsund, der skærmes af Ørodde mod øst. Nykøbing M er en gammel købstad. Gennem det meste af tusinde år har byen været handelsbyen og siden også havneby på øen. Nykøbing M nød godt af at være center på en ø, fordi den derved kom til at huse de mange funktioner, man måtte have i en relativt lukket ø-økonomi.
Med broerne til fastlandet mistede øen sin status af lukket økonomi, og siden er spektret af funktioner i Nykøbing M blevet mere og mere indskrænket i konkurrence med Thisted, Skive og andre større byer. Aktuelt er Nykøbing M en by med vanskelige vækstudsigter. Befolkningstallet stagnerer, og byudviklingen fokuserer bl.a. på at forbedre trafikforholdene og at forskønne de eksisterende byområder.
Den ældste del af byen ligger lavt, i 1-2 m’s højde på marint forland, der er dannet siden stenalderen, mens den nyere bebyggelse breder sig i morænelandskabet nord og syd fra centrum. Her ligger Sankt Clemens Kirke på en morænebakke, og det 43 m høje kirkespir kan ses viden om. Algade, der er byens hovedstrøg, kantes af lave byhuse. Fra Lille Torv passerer man Kirketorvet og kommer til Raadhustorvet, hvor en af det gamle jernstøberis bygninger er bevaret. Gader og torve i byen er udsmykket med skulpturer, bl.a. af Erik Heide, der bor på øen. Turister kan besøge museet på Dueholm Kloster og Dansk Støberimuseum og se på kunst på Holmen. Gågaden Havnegade fører til havnen, hvor der landes fisk og skaldyr.
