Brøndby Kommune rummer de fire kirkesogne Brøndbyvester, Brøndbyøster, Brøndby Strand og Nygårds Sogn i Glostrup Provsti, Helsingør Stift. De to førstnævnte er kommunens ældste sogne, der blev selvstændige pastorater i 1955, da den massive byudvikling begyndte. De to nye sogne blev udskilt i hælene på befolkningstilvæksten; Brøndby Strand fra Brøndbyvester i 1973 og Nygårds Sogn fra Brøndbyøster i 1979. I de gamle sogne er markant flere medlemmer af folkekirken end i de nyere sogne. I Brøndbyvester er 73,2 % medlemmer af folkekirken, og i Brøndbyøster 72,8 %, mens 57,6 % er medlemmer i Nygårds Sogn, og 36 % i Brøndby Strand. Kommunens samlede medlemsprocent ligger på 54,8 %, mens landsgennemsnittet er 75,3 % (2018).
Amtsprovst Eiler Hammond oprettede et af landets første seminarier i 1802 i Brøndbyvester; det virkede frem til 1820 og sikrede egnen uddannede lærere. Gunni Busck, der var præst i perioden 1844‑69, var en nær ven af N.F.S. Grundtvig, der ofte besøgte Brøndbyvester Præstegård. Buscks efterfølger, tidligere biskop og konseilspræsident D.G. Monrad, var efter sit eksil i New Zealand sognepræst her i årene 1869‑71 og fyldte kirken med studerende fra København. Kirkegangen var i øvrigt beskeden hos de nævnte præster, og det ændredes ikke under provst P.J. Munch, der virkede i perioden 1912‑32 og var formand for Indre Mission. Heller ikke i nyere tid har kommunen været præget af vækkelser, og Brøndby Kommune er i 2018 helt uden kristne frikirker.
I Brøndbyøster åbnede Den Muslimske Gravplads i 2006. I Brøndby Strand er der en moské, Brøndby Islamisk Menighed. Moskéen er tilknyttet trossamfundet Dansk Islamisk Trossamfund, der blev et anerkendt trossamfund i 2017.
