Umiddelbart efter sortebrødreklosterets stiftelse ca. 1240 i Viborg synes opførelsen af den endnu bevarede klosterkirke at være igangsat. Som typisk for tiggerklostrene er der tale om en langhuskirke på fem hvælvede fag opført i tegl. I østpartiet indgår en del granitkvadre, som måske er genbrug fra en nedlagt sognekirke. Kirken er opført i unggotisk stil med smukke detaljer og brug af riflede og glaserede tegl. Den sydlige facades vinduesdisponering viser, at der fra opførelsen var projekteret en østfløj, som må have været i to stokværk og rummet bl.a. kapitelsalen i det nedre og sovesalen (dormitoriet) i det øvre. Mindre udgravninger tyder på, at den ældste østfløj strakte sig langt mod syd. I senmiddelalderen udviklede klosteret sig til et firfløjet anlæg med korsgang i to stokværk, hvoraf en rest er bevaret som kirkens søndre sideskib. Også i senmiddelalderen tilbyggedes på kirkens nordside to oprindelig adskilte kapeller, formentlig stiftet af adelige velgørere.
Ved Reformationen blev tiggerklostret overtaget af byen, der lod Sortebrødre Kirke omdanne til sognekirke for Viborg Søndre Sogn.
