Skibsreder H.P. Prior købte i 1868 ejendommen Ny Vartov, hvor han planlagde at anlægge en privat havn og et dokanlæg. I årene 1869‑72 fik han anlagt Priors Havn, og 1872 solgte han grunden og havnen til Tuborgs grundlægger, grosserer Philip W. Heyman. Ved grundlæggelsen af Tuborgs Fabrikker (fra 1935: Tuborgs Bryggerier) i 1873 indgik etatsråd C.F. Tietgen og ingeniør G.A. Hagemann i bestyrelsen sammen med Philip W. Heyman. Navnet Tuborg var inspireret af et tidligere traktørsted i Hellerup, Thuesborg, der var opført omkring 1690 af Jonas Nielsen Thue. Senere kom en større villa til med navnet Store Tuborg, og det var over for denne grund, at Tuborgs fabrikker blev opført.
Konsortiet planlagde ikke at konkurrere med bryggeriet Carlsberg, men at producere flaskeøl til oversøisk eksport. Derfor var havnen en forudsætning. Men denne forretningsidé viste sig urentabel, og i stedet begyndte bryggeriet i 1880 at brygge en pilsnerøl til det danske marked. Tuborg-pilsneren, der ved en navnekonkurrence i 1932 fik navnet Grøn Tuborg, blev meget populær og var med til at bane vejen for Tuborgs succes.
Ved grundlæggelsen af Tuborgs Fabrikker blev der ved Tuborg Havn foruden et ølbryggeri opført et glasværk, der producerede flasker, samt en svovlsyrefabrik til fremstilling af gødning. Svovlsyre- og gødningsfabrikken blev nedlagt i 1882 og glasværket afhændet til Kastrup Glasværk i 1881. I 1891 udvidede Tuborgs Fabrikker produktionen med fremstilling af mineralvand og sodavand. Tuborgs Fabrikker blev i 1894 en del af De Forenede Bryggerier (DFB).
Selve havnen, der aldrig kom til at rumme den blomstrende øleksport, den var tiltænkt, kom i stedet til at fungere som færgehavn. Op gennem 1900-tallet var der ad flere omgange færgefart til Landskrona, og i årene 1966‑77 lagde færgeforbindelsen mellem Helsingborg og Travemünde til i Tuborg Havn.
