Ærø har kun få ferske vande. Langt størstedelen af søerne er så små, at de må karakteriseres som vandhuller, og kun Vitsø syd for Søby fremstår i dag som en større sø. Dertil kommer ca. 14 km små naturlige vandløb. De fleste vandløb har deres udløb i vest, og vandet er langt overvejende overfladevand. Ud over de naturlige vandløb har øen også et rigt forgrenet net af grøfter og kanaler, som er anlagt for at lede vand bort fra markerne. I dag er mange af dem rørlagte.
Vandløbene plejes med bl.a. grødeslåning, oprensning af slam eller foring med grus, og af hensyn til den biologiske mangfoldighed foregår plejen meget nænsomt. Hvor det har været muligt, er flere rørlagte vandløb og render desuden blevet fritlagt for at forbedre forholdene for øens ørredbestande.