Da Ærø er en økommune, har havet stor indflydelse på klimaet. Det betyder bl.a., at somrene er forholdsvis kølige med mere sol og færre byger, mens den langsomme afkøling af havet medfører, at vintrene sjældent bliver særlig kolde. Ærø ligger dog tæt på det europæiske kontinent, og om sommeren kan varm luft blæse op fra fastlandet, og kulde kan nå frem til øen om vinteren. I oktober er Ærø Kommune sammen med Langeland og Sønderborg Kommuner landets varmeste, og fra september til marts samt set over hele året placerer Ærø sig oppe blandt de ti varmeste kommuner.
Der falder kun få byger i kommunen, og nedbøren kommer hovedsagelig fra fronter og lavtryk. Samlet set ligger nedbørsmængderne da også betydeligt under landsgennemsnittet. Til gengæld betyder mindre nedbør også færre skyer og flere solskinstimer, og i juli og august er Ærø en af landets ti solrigeste kommuner.
