Forvaltningen af Ærø Kommunes landskab sker i en vekselvirkning mellem et omfangsrigt landbrug, som samlet set er en af øens største arbejdsgivere, og naturarealerne, herunder den lange kyst, som tiltrækker turister og spiller en vigtig rolle i bosætningen. Samtidig ligger stort set hele Ærø inden for kystnærhedszonen, hvilket stiller krav om særlige overvejelser i udviklingen og udnyttelsen af øens landskab.
For at prioritere naturindsatsen har Ærø ligesom landets øvrige kommuner udarbejdet et Grønt Danmarkskort. I den forbindelse er der bl.a. udpeget en række potentielle økologiske forbindelser, fx fra Skydsbæk syd om Øster Bregninge samt fra Vindeballe mod nord langs Borgnæs Grønvej, samt flere potentielle vådområder som Kattemose, Store Rise Mose, Skovsø og Stokkeby Mose.
Desuden har kommunen en række særlige geologiske landskabskaraktertræk som klintkyster, dødislandskaber og drumlinbakker. Sammen med de sydfynske kommuner arbejder Ærø Kommune derfor på at få Ærø og det øvrige Sydfynske Øhav udpeget som UNESCO Global Geopark.
