Nykøbing S har en befolkning på 5.095 og et areal på 3,0 km2. Byen ligger 23 km nord for Holbæk nær Nykøbing Bugt i et varieret landskab mellem Kattegat og Isefjord, hvor Rørvighalvøen begynder. Bymidten er anlagt på en udløber af Odsherreds moræneland, som omgives af hævet Littorinahavbund. Dette flade område er forøget med en inddæmmet og tørlagt strækning lige øst for byen. Under denne tørlægning blev øen Ringholm landfast. Havnen blev bygget som øhavn uden for det lave vand syd for byen. Her er senere foretaget opfyldninger. Nord for byen slutter den hævede havbund af med klitbælte og sandstrand ud til Nyrup Bugt.
Med etableringen af jernbanen i 1899 opførtes i begyndelsen af 1900-tallet et stort antal sommerhuse men også parcelhuse, som bl.a. blev bygget langs de nordlige udfaldsveje. En vis byvækst fandt også sted efter 2. Verdenskrig, og samtidig bredte sommerhusbæltet langs Nyrup Bugt sig hastigt sydpå. De to udvidelser mødtes omkring 1990 ved omfartsvejen mod Rørvig. Her er placeret to erhvervsområder med bl.a. pladskrævende detailhandel; dagligvarer handles ved Algade. I havnen, hvor godstransport for længst var ophørt, opførtes efter årtusindskiftet lejligheder, rækkehuse og moler til husbåde. Et solvarmeanlæg ved omfartsvejen blev taget i brug i 2014.