I Tønder Kommune er 82,9 % medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 % (2020). Kommunen omfatter Tønder Provsti, som ligger i Ribe Stift. Der er 30 sogne fordelt på 15 pastorater og 28 menighedsråd. Det betyder, at de fleste sogne har bevaret deres menighedsråd til trods for mange sognesammenlægninger. I provstiet er der 22 præster.
Tønderegnen blev tidligt et kraft‑ fuldt pietistisk vækkelsesområde, ikke mindst pga. Johann Hermann Schrader, der i 1728 blev provst. Han udgav salmer og andagtsbøger og fik et godt samarbejde med byens tredjepræst, salmedigteren Hans Adolph Brorson. Vækkelsesmøderne foregik fra 1730 i Tønderegnens præstegårde. Den gamle vækkelse prægede fortsat egnen, og efter 1864‑krigen havde den nordslesvigske mission nogen fremgang. De tysk‑danske kirkerelationer var efter Genforeningen i 1920 noget vanskelige i Hostrup Sogn, hvor der opstod en tysk frimenighed, som med Befrielsen i 1945 blev nedlagt, men derefter i 1956 genetableret med 11‑12 % af sognets indbyggere. Den Tyske Frimenighed har fortsat guds tjenester i Højst og Hostrup Kirker.
Den grundtvigske bevægelse er på egnen repræsenteret ved Bovlund Frimenighed i Branderup Sogn, etableret i 1879. Ligeledes eksisterer der en grundtvigsk kreds i Rørkær og Jejsing i Hostrup Sogn med forsamlingshus i Jejsing fra 1909, som i dag bruges af egnens foreninger m.m. Højer Efterskole hører i dag til det grundtvigske efterskolemiljø. Indre Mission har betydet en del i Ballum, Højst og Hostrup Sogne. Luthersk Missionsforening har en kreds i Ballum Sogn.
Efter 1920 var der ved Tønder Kristkirke både en tysksproget og en dansksproget folkekirkelig præstestilling. I dag eksisterer der foruden provstestilling og den tyske præst to faste præstestillinger. På Tønder Amts og Bys Sygehus var der i mellemkrigstiden ansat to ledende diakonisser og desuden to diakonisser, der passede syge på egnen. KFUM/K vandt indpas i provstiet med bl.a. soldatermission i Tønder. I byen har Pinsemissionen i dag Tønder Frikirke.
Et kirkeligt center med forskellige uddannelsesskoler har i de senere år samlet sig i Løgumkloster Sogn.
