Ishøj Kommune består af sognene Torslunde og Ishøj, der tilsammen udgør et pastorat i Høje Taastrup Provsti, Helsingør Stift. Kun 47,5 % af kommunens indbyggere er medlemmer af folkekirken i forhold til 75,3 % på landsplan (2018).
Ved et besøg i 1804 noterede biskop Nicolai Edinger Balle, at sognene var præget af usædvanlig ligegyldighed og uvidenhed. Der var dog vækkelser i området, inden Grundloven sikrede religionsfrihed i 1849. I 1843 blev en baptistmenighed i Ishøj retsforfulgt, og udflyttergårdmand Jacob Nielsen blev d. 20. juli 1844 dømt for at afholde baptistiske forsamlinger, da disse var en overtrædelse af konventikelplakaten af 1741. Menigheden blev støttet fra København. Tvangsdåb af baptisters børn og retssager om ulovlige forsamlinger ophørte dog efter 1847. I tiden efter 1856 blev en del baptister mormoner.
Inden for folkekirkens rammer spredte en indremissionsk vækkelse ved Vallensbæks sognepræst Henrik Muhle Hoff sig til Ishøj fra ca. 1890, hvor der blev bygget missionshus og afholdt søndagsskole. Københavns nærhed har både befordret baptistmenigheden og fået skylden for Indre Mission-kredsens stagnering fra 1950’erne.
Siden 1972 er antallet af præstestillinger i pastoratet øget i takt med befolkningstilvæksten, og de kirkelige aktiviteter er udvidet, bl.a. for børn og unge, med international bibelkreds og lignende.
I Ishøj ligger Mevlana Moské. Derudover findes der i Ishøj også en pakistansk moské: Dansk Pakistansk Kulturforening, Ishøj Masjid.
